神经所电子显微镜室建立于 1980 年，其前身是脑研究所电子显微镜室，现有专业技术人员 2 名，由宋强负责管理。目前该实验室配备的仪器主要有：Joel JEM-1230 透射电子显微镜、Hitachi S-2460N 扫描电子显微镜、Hitachi E-1010 Ion Sputter（离子溅射仪）、HCP-2 critical point dryer 临界点干燥仪、Leica UC7（超薄切片机）、Leica UC6（超薄切片机）、Leica CM1950（冰冻切片机）、Microm HM525（冰冻切片机）、Leica SP9000（磨刀机）、Leica VT1200S（振动切片机）、Leica  RM2255(石蜡切片机)等，为目前国内电镜和切片设备较先进的公共实验室。

实验室电镜设备每周开放 5 天，每天开放 9 小时；冰冻切片设备每周开放 6天，每天开放 14 小时。

电子显微术（透射电镜、扫描电镜）是生物医学界目前应用最广泛的科学研究手段之一，其不仅可用于形态学分析，而且还可以结合元素分析、图像处理、三维重构等分析技术为生命科学研究、临床医学研究提供必要的数据依据，是目前细胞生物学、病理学、生理学、组织胚胎学等学科不可缺少的研究技术。

透射电镜是电镜技术中应用最广泛的一种电子显微镜，它是利用透射电子成像的。使用透射电镜观察样品能获得高分辨率的超微结构图像。透射电镜所观察的样品是很薄的切片（100 KV 时，样品厚度不超过 100nm，通常为 60nm 左右），称为超薄切片。超薄切片的制备是电镜技术的关键，其原理及制作过程大体上与光学显微镜的石蜡切片相仿，分为前固定、后固定、脱水、浸透、包埋、切片及染色等步骤。

扫描电镜主要是利用二次电子成像：由聚光镜和物镜组成的电子光学系统将电子枪发射出的电子聚集成一极细的电子束聚集于样品的表面，按顺序对样品表面进行逐行扫描，然后将样品表面发射出来的二次电子用检出器收集起来，再经视频放大形成图像信息，经显像管显示。扫描电子显微镜之所以能够在许多领域内得到广泛的应用，是因为其具有许多突出的优点，如：1）能直接观察较大体积样品表面的三维立体结构，具有明显的真实感，弥补了透射电镜的不足；2）放大范围很宽（从 20-20000 倍之间连续变化），即使在高放大倍率时，也能获得很高的分辨率；3）样品制备方便等。

神经所电子显微镜室主要服务于所内科研人员，也对所外人士开放，实行有偿服务，欢迎广大研究人员前来使用。